サンマグノリア共和国。国民たちが送る平穏な暮らしの影では、数多の命がすり潰されていた。隣国・ギアーデ帝国の無人戦闘機械〈レギオン〉の侵攻に対抗するため、共和国が製造した無人機〈ジャガーノート〉。しかし、無人とは偽りだった。その機体には、〈エイティシックス〉と呼ばれる少年少女たちが搭乗させられ、日夜戦いを続けていたのだ。その現状を是とせず、彼らに寄り添おうとする共和国軍少佐のレーナは、精鋭部隊・スピアヘッド戦隊の管制を任される。だが、その戦隊長である〈アンダーテイカー〉には担当の指揮管制官を壊してしまう、という奇妙な噂があった。